Il gruppo di Analisi Dati Avanzate è dedicato a supportare i ricercatori e i collaboratori della Fondazione RI. MED per ottenere la maggiore informazione possibile dai loro modelli e dati scientifici, con un particolare interesse per i progetti che includono l’utilizzo di tecnologie che generano Big Data biologici, focalizzati allo studio dei tumori e delle patologie legate all’invecchiamento. Ad esempio, supportiamo l’unità di Drug Discovery per il design e l’analisi dei dati generati dalla piattaforma di HTS (high-throughput screenings) ed eseguiamo le analisi statistiche comunemente utilizzate sui high-throughput data ottenuti da un ampio range di tecnologie, basate su microarray o Next Generation Sequencing. Spesso le analisi standard non sono applicabili, perché i software e gli algoritmi esistenti non sono funzionali al disegno sperimentale utilizzato. In questi casi, sfruttiamo le nostre capacità di programmazione e gestione di big data per analizzare i dati con un approccio personalizzato. Principale oggetto di interesse del gruppo sono i sistemi biologici complessi, analizzate integrando l’analisi di più sorgenti di dati, che descrivono le interazioni tra differenti “attori”, come l’RNA (mRNA, microRNA), dati genomici, l’attività delle sequenze ripetute, dati clinici.

Obiettivi

• Fornire la corretta interpretazione scientifica dall’analisi di big-data biologici
• Sviluppare nuovi algoritmi di analisi di dati omici
• Disegnare flussi di analisi per integrare dati provenienti da fonti eterogenee
• Investigare sui network di interazione biologica
• Disegnare terapie basate su RNA

Focus

• Il ruolo delle sequenze ripetute del DNA in condizioni fisiologiche e patologiche
• Gli aspetti molecolari dell’invecchiamento e il loro ruolo nel cancro e le malattie degenerative
• microRNA, competitive endogenous RNA, long non coding RNA
• Splicing alternativo e la sua modulazione

Competenze e risorse

• Biologia molecolare, Genetica, Biologia dei sistemi
• Statistica, Bioinformatica, Machine learning
• Long-read Next Generation Sequencing (Oxford Nanopore Technologies)
• Analisi di dati omici: Genomica, Trascrittomica, Epigenomica, Metagenomica
• R, Python, Matlab, Galaxy

Team